Прежде всего необходимо разобраться: просыпается ли он полностью.
Если он просыпается и кричит, это одно.
Если он кричит во сне - другое.
Крики после сна могут быть вызваны:
Если же ребенок кричит во сне, причиной может быть конфузионное пробуждение. Это то, что в народе именуют "лунатизмом".
Ребенок застревает между сном и бодрствованием.
Читайте подробнее про конфузионные пробуждения.
Скорее всего, ему чего то не хватает. Если исключены все болезненные факторы и малыш здоров, скорее всего ему нужна безопасность - близость мамы.