Помимо других названных факторов стоит исключить энтеробиоз ( острицы) они очень распространены среди детей и ночью как раз выползают и будят ребенка. обратите внимание нет ли у ночных криков цикличности например раз в 2 недели ( пока из мало цикличность есть когда много она уже продает) ребенок может чесать попу вечером или во сне.. или не чесать... если есть возможность во время криков осмотреть анус ребенка на предмет очень маленьких белых человечков, можете это сделать... утром не увидеть все равно... Анализ кала на глисты тоже скорее всего не покажет, так как эти паразиты в складках оставляют яйца... И если их не много там цикл в 2 недели, не отловить.
Но вообще распространенная причина ночных криков.
Скорее всего, ему чего то не хватает. Если исключены все болезненные факторы и малыш здоров, скорее всего ему нужна безопасность - близость мамы.