Традиция ;)
Да и поскольку в СССР и теперь РФ у школьников и студентов были приняты тетради в синюю полоску/клетку, синие чернила гармонируют с ними.
В других частях света (Европа/США/Азия) наоборот традиция писать черными чернилами, а вообще обычно ограничений нету как таковых.
Потому что по ГОСТ документы обязаны заполнять чёрными чернилами. Но это не всегда удобно и было сделано допущение использовать дополнительно синий цвет.