Возможно потому, что в машине вы сидите перпендикулярно движению, а в метро вдоль, и качка передается не поперек тела. Также у каждого есть своя амплитуда и частота укачивания при которой начинается морская болезнь. И не обязательно они должны быть большими, меня вот при сильной качке не укачивает, а при средней да.