Тошнота в транспорте - защитный механизм. При несоответствии данных, получаемых от глаз и вестибулярного аппарата, мозг начинает принимать меры по выведению яда (т.к. по его мнению яд - единственная причина подобного диссонанса).
Дело скорее всего в том, что ход поезда плавнее и равномернее, по сравнению с автомобилем он почти не ощущается. Поэтому мозгу просто недостаточно причин для паники, следствием которой является тошнота.