Породистых ведь люди селекционируют принципам: хвост должен быть таким, лапы такими, прикус таким... а параметры здоровья стандарт породы не учитывает. Вот и выхаживают слабеньких, но подходящих под стандарт; зато крепких, но в стандарт не вписывающихся отбраковывают. Как результат, породистые животные часто имеют в довесок к своим внешним данным ещё и слабый иммунитет, да кучу врождённых проблем.
А на дворняжек сильнее действует естественный отбор: слабый -- мёртвый. Всё просто.