Маргинал - это общий термин, означающий, что человек находится на границах между социальными группами. Он получил негативную коннотацию в общем словоупотреблении, но это неправильно. Также как "санкции" - это не только негативная ответная реакция. Люмпен - это термин, появившийся в конкретной теории, и, по идее, должен употребляться только в ее контексте. То есть, когда вы говорите "люмпен", вы должны иметь ввиду классовую теории Маркса (и образованный человек таким образом это "считает"). Для любых других теорий общественной жизни этот термин нерелевантен.
А путают эти термины, как и любые другие собственно, скорее всего, из-за а) незнания или б) небрежности. В принципе, если вы не находитесь в академическом дискурсе, большой беды, на мой взгляд, нет. Кроме того, что это характеризует человека определенным (возможно неприятным) образом.