Об истоках антисемитизма написано огромное количество книг и статей. Причин, видимо несколько.
Во-первых, религиозные причины: с распространением христианства иудаизм стал признаком некой маргинальности, уровень религиозной толерантности в средневековой Европе был довольно низким (наличие инквизиции об этом довольно явно свидетельствует).
Во-вторых, евреи были лишены собственной территории, что приводило к их более явной консолидации (возьмите любой народ, вынужденный жить среди иноверцев). Чтобы сохранить идентичность, они старались беречь традиции, носить национальную одежду и так далее. Естественно, это вызывало непонимание у местных жителей. К тому же евреи активно помогали соплеменникам, что в глазах окружающих выглядело явным признаком тайного сговора.
В-третьих, любовь людей к мистификации. Популярность "Протоколов сионийских мудрецов" тоже явно об этом говорить. Обычная жизнь скучна и уныла, человеку нужны тайные общества для ощущения прикосновения к скрытым смыслам и тайнам бытия (мормоны, масоны и канал "Рен-тв" выстроили свою популярность на этом). А тайным обществам нужны враги, на роль которых лучше всего подошли евреи, в силу их консолидированности и оторванности от христианского мира.