Потому что (1) любят своих детей и берегут их и (2) считают религию вредной и опасной вещью.
Первое понятно: Россия это нормальная малодетная европейская страна, в которой дети - большая ценность и предмет заботы.
Второе - в конечном счете, механизм табу, негативных предписаний религиозного типа. Характерные для него эмоциональность и категоричность здесь обнаруживаются буквально сразу. Откуда такая реакция: в самом предельно общем виде - потому что человек в принципе существо, которое упорядочивает мир символами и понятиями. Часть из них наделяется высшей ценностью, другие, противоположные, отвергаются, но сильные чувства, эмоции большой интенсивности, способны вызвать и те, и другие.
"Безрелигиозные" и "свободомыслящие" здесь не исключение, они такие же люди, как все, такие же социальные существа. Вещи, которые они не могут изменить или отменить, но которых как-то могут их задеть, их тоже, как и всех, беспокоят. Например, религия, которая вот-вот дотянется до их ребенка. Почему религия становится вещью со знаком "минус" - потому что противопоставлена, в их картине мира, чему-то ценному и правильному: свободе, праву выбора, прогрессу, научному знанию и так далее - и, конечно, детям, которых надо беречь. Обычные опасности, которые чаще всего подразумеваются: или психологическое насилие (будут навязывать религиозные обряды, заставят участвовать в них), или, еще хуже, что "втянут", "индоктринируют" - в общем, испортят.
Вопрос, может быть, подразумевал еще один: как относиться к таким родителям, если вы сами человек религиозный. Признать, во-первых, их достоинства: заботу о детях и неравнодушие к "последним вопросам". Во-вторых, что переубедить их вряд ли получится, слишком высоки ставки, слишком важные вещи затронуты.
Мне очень нравится читать ваши прекрасные ответы!