Дело в комфорте. Если вы летите два часа, то можно и не есть ничего (или заплатить дополнительно за напитки), посидеть на узких креслах и вообще ужаться.
А вот если полет длится ночь, хочется, например поспать: откинуться в кресле, сразу захочется, чтобы было помягче, побольше места, чтобы пледик с подушечкой принесли, да и завтрак после восьми часов в самолёте тоже весьма желанен. Логика понятна: чем дольше летим, тем меньшим количеством удобств мы готовы пренебречь, тем больше стоимость рейса. На лоукостерах в далёкие страны никто летать не будет: холодно, голодно и все болит от неудобной позы. Да и класс пассажиров, летающих далеко, обычно более обеспеченный (частично это связано и с большой стоимостью билета на рейс, но не только. Пример: далёкие жаркие острова).
Ответ можно найти поразмыслив логически: Потому что топливо очень дорогое и на дальние расстояния нужно очень большое его количество. А рейс может себя не окупить из-за непроданных билетов.