Кроме субъективных причин, развитие метрополитена в Питере сдерживается глубиной залегания туннелей (местами до 100 м), сложностью грунтов (одна ликвидация прорыва плавуна между станциями "Лесная" и "Площадь Мужества" съела столько ресурсов, что на целую линию бы хватило). Соответственно стоимость прокладки местро в Питере несколько раз дороже чем в Москве. Про другие города не знаю, но думаю, что подводные камни есть и там.