Сверху все хорошо описали, однако отвечу на последнюю часть вопроса почему более комфортные места есть и используются - ездить например вдвоем (с семьей, с детьми) гораздо удобнее в купе. Это комфортнее и приятнее, безопаснее, тише - в скорых поездах например до Нежного Новгорода есть в купе свой санузел, можно принять душ спокойно или поваляться на кровати, вместо того чтобы сидеть всю дорогу в одежде, в кресле. Например, я не пожалел ни одного рубля, когда ехал именно таким способом, комфорт - вещь приятная, особенно на контрасте.
А деньги - понятие относительное, когда дело касается комфорта.
Я не думаю например, что путешествуя поездом кто-то бы хотел красоваться красавицей женой в плацкартном вагоне полном например дембелей из ВДВ. (я образно, против ВДВ ничего не имею, просто шумные они попутчики)
Нежный Новгород! Ну просто ми-ми-ми)
Не во всех(