Не совсем известно, на самом деле. Одним из объяснений является так называемая кавитация, когда внутри сустава образуются небольшие полости с вакуумом в синовиальной жидкости (вязкая субстанция, уменьшающая трение между суставами). При падении давления между суставами некоторые газы, растворенные в синовиальной жидкости, образуют маленькие пузыри и потом резко сжимаются, следствием чего и является хруст.
Другие объяснения этого феномена включают резкое растяжение связок, а также внутрисуставный разрыв межклеточного «сцепления» (адгезии).
Существует предположение, что хруст пальцами ведет к артриту — болезни суставов, но это так и не было толком доказано. Более того, один доктор по имени Дональд Ангер на протяжении 60 лет постоянно хрустел пальцами только на одной руке, что не привело к развитию артрита. Он получил за это Шнобелевскую премию, присуждаемую за различные нетривиальные открытия в различных направлениях.