Здесь нужно вникнуть в исторические реалии того времени. Первое, что нужно отметить — мы обычно исходим из предположения об изначальном существовании казахов и киргизов как нации и, соответственно, считаем, что существовали некие предшественники национальных государств — степного Казахстана и горной Киргизии. Но это не совсем верный подход.
Кыпчакская степь и север Средней Азии — место жизни кочевых народов, базовой единицей которых была большая патриархальная семья. Такая семья могла достигать нескольких десятков человек, а вместе со слугами и более того. Семьи кочевали, то есть перемещались по региону на значительные расстояния (при этом необходимо учитывать, что пастбища не были свободными, они принадлежали тем или иным родам, и за них велась подчас жестокая борьба). Тем не менее, мобильность кочевников в разы превосходила мобильность земледельцев, проживающих южнее и севернее кочевников. Соответственно, оказавшись на юге, семья переходила на кыпчакско-ногайские диалекты, а на юге говорила на киргизско-кыпчакских. Это языки одной группы.
Этнический состав населения региона очень композитный. В предках как у казахов, так и у киргизов есть собственно кипчаки и другие тюрки, татары, монголы, арабы, а также иранские, енисейские и алтайские народы. Для степняка предок был важнее текущего окружения, в силу чего не представлялось возможным дать какое-то единое определение кочевникам юга или севера. Торе вели родословную от Чингиза, а, например, кожа происходили от арабского проповедника. У многих казахских и киргизских родов общие предки. Например у родоплеменных структур кангалы, уйсун, жалаир и других общий корень.
Разделить эту массу людей на «народы» просто не представлялось возможным. Именно поэтому царские чиновники начиная с середины XVIII века, называли их всех общим термином «киргиз-кайсаки». Этноним «киргизы» = «кырк + гыз», сорок огузов, сорок родов. За ним стоит какое-то древнее племенное тюркоязычное образование. Этот этноним был достаточно известен, но, скорее всего, как внешнее наименование, экзоэтноним.
Этноним «казах» (кайсак, казак и т.д.) происходит от тюркского «қазақ», что переводится как «вольный, свободный». И это тоже не название народа, а, скорее, некоторое самоопределение статуса кочевника. А поскольку в Российской империи уже были казаки, использовать его для обозначения северных степняков-тюрок казалось некорректным. Собственно, так утвердился этноним «киргиз-кайсаки» с акцентом на первое слово.
При строительстве СССР будущих казахов и киргизов стали «приземлять», лишать возможности ведения прежнего образа жизни, поскольку контролировать кочевников намного сложнее, чем оседлых. Возникла потребность в создании административно-территориальных образований, проведения границ, установления «государственного» языка и прочих атрибутов нации. Однако процесс размежевания был длинным и изначально границы пролегали не там, где сейчас. Например, Алма-Ата не входила в состав Киргизской АССР (будущий Казахстан), а Оренбург — входил.
С названиями сначала тоже была путаница (в нашем понимании; для того времени это просто вопрос выбора термина). Сначала Киргизской АССР назвали будущий Казахстан, а Киргизию назвали Киргизской автономной областью. Однако потом лингвисты нашли способ размежевания названий казаков-тюрок и казаков-русских (казахи и казаки). После 1926 года за степной частью закрепилась название Казахстан, а за горной частью — Киргизия.
В финале хочу еще раз подчеркнуть, что речь не идет о двух народах, которые имели на момент создания социалистических республик четкую самоидентификацию и самоназвания, и которые русские/ советские чиновники не могли запомнить. Речь идет о процессе конструирования двух наций и выбора для них атрибутов.