Николай прав, научно-теоретических проблем связанных с исчезновением наглядности в физике нет. В ней хватает своих нерешенных проблем, но они с связаны с другим. Методологически проблема наглядности в физике решена методом "заткнись и считай" а также наличием онтологически разных но математически эквивалентных способов описания реальности.
Эквивалентность означает что что бы ни происходило "на самом деле" физики могут предсказать что будет если мы сделаем вот эдак. С практической точки зрения этого более чем достаточно, предсказуемость результата это то что собственно производит наука.
Однако с точки зрения онтологии важно именно то, что происходит "на самом деле", то есть каким именно образом "вот эдак" создает "что будет". И эта проблема не решается вообще, потому что из эквивалентных описаний невозможно выбрать "правильное" и даже уверенности что "правильное" уже есть в списке тоже нет.