Исчезновение наглядности не порождает научно-теоретических проблем. Сложно наглядным образом представить себе искривленное пространство-время или эволюцию состояния квантового поля во времени. Тем не менее и то, и другое отлично считаются и описываются математикой. Что касается философских проблем - это не проблема физического исследования.