Почему гражданская авиация до сих пор не отказалась от пилотов, перейдя на полностью автоматическое управление самолетами?

По той же причине, что и с автомобилями. Потому, что принятие решений о движении ВС, должен принимать человек находящийся на борту, а значит несущий (в конечном итоге) ответственность своей жизнью. Вы не можете переложить ответственность за принятие решений даже на самый совершенный алгоритм, если речь идет о жизнях людей. Тем более на пилота, находящегося на земле, как в случае с разведывательными или боевыми UAV.

Как только у вас появляется человек в кабине принимающий решения, то необходим второй человек, который будет равно контролировать и участвовать в принятии решений. Этим объясняется необходимость второго пилота.