Это плохо прежде всего для последователей соответствующей религии. Она становится зависимой от чиновников и от политической конъюнктуры. Из-за интеграции в бюрократическую систему вместо настоящих духовных лидеров, идейных людей и подвижников там начинают заправлять ловкие жулики, которых интересует прежде всего имущество. Это сказывается на всей религиозной жизни, разлагает её. Ну а в глазах простых людей, в том числе потенциальных последователей, такая религия становится не более чем полицейским учреждением.
Прикиньте сами: если вы иноверец - вы не гражданин, если атеист - не гражданин... И т. д.
Не думаю что это плохо, поскольку идеологическая основа для той или иной страны это хорошо потому что люди более морально подкреплены и имеют какую то духовную опоры недели когда ее нет