Почему, если подрастающий ребёнок читает хорошие книги и хорошо учится вместо разлекушек, он может отдалиться от некоторых сверстников?

Потому что он развивается негармонично. 

Гармоничное развитие включает в себя и хорошую учёбу с любовью к чтению хороших книг, и участие в разных кружках, и разные развлекушки, вроде ролевых и спортивных игр (футбол, волейбол, салки, пятнашки, ножички, перегонки, прятки, шашки, шахматы, карты и т.п.), и участие в спортивных секциях, и совместные гуляния-шатания по улицам, по лесу, по близлежащим сопкам.  

А вот если упереться рогом только во что-то одно, например, в чтение книжек, то действительно можно стать "слишком" умным, но оторванным от остальных и от реальной жизни.  Таких одноГлазники и разная школьная шпана, действительно, не любит, строит разные каверзы, издевается, бьёт, и т.п. 

Было время, когда я и мой друг "оторвались" от сверстников, и терпели от них насмешки и издевательства, на которые мы старались не обращать внимания. Но когда нас с другом окружила целая группа завидующих нашему "излишнему" уму и решила побить, то мы показали, что готовы защищаться, кто чем может. После этого нас зауважали и перестали третировать. Особенно зауважали моего друга, который схватил какой-то увесистый дрын и с диким воплем ринулся на врагов, а я следом за ним, с кулаками наперевес. Все и разбежались. 

Я в школьные годы не был паинькой, домашним мальчиком. Ходил на вольную борьбу, играл в футбол, волейбол, и прочие игры. Был задирой. Был и битым. Не всегда везло с соперниками. Но зато при нашей с другом встрече на улицах с шайками малолетних кандидатов в преступники, среди них находились те, которые говорили остальным: "Не трогайте их! Это нормальные ребята!"