Почему человек иногда просыпается за несколько секунд до будильника?

Если человек поставил себе будильник на определённое время и уже довольно долгий срок просыпается по его звонку именно тогда, то его мозг уже успел приспособиться к данному ритму и настроить биологические часы организма на это время. 
Если подробнее: в части головного мозга, которая называется промежуточной, есть гипоталамус и гипофиз, вместе образующие гипоталамо-гипофизарную систему, а также эпифиз, эпиталамус и пр. В этих структурах происходит синтез некоторых жизненно важных гормонов, регулирующих деятельность сосудистой, дыхательной, двигательной систем или других желез внутренней секреции. Кроме того, гипоталамо-гипофизарная система обладает способностью воспринимать и интерпретировать длину светового дня и обеспечивать определённый фотопериодизм, то есть они-то и настраивают биологические часы засыпания-пробуждения (а также примерного времени приёма пищи, у многих животных и время размножения, ведь удлинение светового дня, например, свидетельствует о приходе весны, значит пора искать партнёра). Если у вас ориентиром для сна служит не солнце, а будильник, то эти структуры обеспечат повышение уровня мелатонина ко времени засыпания (если вы каждый день ложитесь в определённое время), а ко времени пробуждения поднимается уровень гормона кортизола, что обеспечивает лёгкий подъём. 

А что касается минут - сложнейшая, точно налаженная система, которой является организм, подчиняясь своим внутренним ритмам, не может точно соответствовать каким-то там секундомерам и обеспечивать вам пробуждение с точностью до минуты :)

С другой стороны, раннее прбуждение может иметь и психологическую причину. Может быть, вам нужно проснуться утром пораньше из-за какого-то важного дела, может, вас ожидает что-то волнующее и важное и вы, думая об этом, нервничаете. Может быть, по этой причине вам так и не удалось погрузиться в глубокий сон этой ночью и вы, терзаясь мыслями об этом важном дне, стараетесь не проспать, сами себе говорите: ты не можешь поспать подольше, у нас важный день, не проспи! То есть уровень кортизола у вас итак повышен. У всех, наверное, такое бывало, когда просыпаешься не за пару минут, а за пару часов до будильника, засыпаешь снова, просыпаешься ещё за час, потом за полчаса, погружаясь ненадолго в тревожную дрёму и чувствуешь себя потом таким разбитым и потерянным...

Короче говоря, высыпайтесь :)