Почему большинство атеистов используют выражения «Не дай Бог», «Господи», «Не упаси Господь» и т. п., если атеисты в Бога не веруют?

Хороший вопрос! Предполагаю, потому что с детства люди окружены словами, часть из которых повторяется в определенных ситуациях, например, сильного испуга и удивления. Со временем ребенок вырастает, усваивая эту связь слов и ситуаций.

Атеисты растут в той же среде, что и другие люди, поэтому и словесные привычки у нас могут быть те же :)

Произнося "господи боже", атеист вряд ли подразумевает бога, а скорее просто использует эти слова для выражения эмоции, не наделяя их специальным смыслом.