Photoshop, Illustrator, Flash, After Effects. Что за чем (и всё ли нужно?) усваивать, дабы научиться делать короткие 2D мультфильмы? Или другие программы нужны?

Я со своей колокольни отвечу: если мультики - хобби (сделать мультик-другой раз в пару месяцев), то подойдёт практически любой инструмент. Если планируете серьезное развитие в этом плане - то сначала АЕ, а потом копайте в сторону 3D. Для АЕ в последнее время появилось много готовых проектов с персонажами, а также в пакет входит Character Animator (с его помощью отслеживается ваше лицо в реальном времени и мимика переносится на лицо персонажа). Такую анимацию можете делать в АЕ: https://www.instagram.com/ema_colombo/