Для мультфильмов как у Egoraptor-а, Psychicpebbles и т.д. вполне достаточно знать один flash. Самое главное в анимации - знание как строятся мультяшные персонажи, понимание цветовой композиции, тайминг, аккуратность и т.д. Для этого рекомендую ознакомиться с книгами про анимацию. Из подобных в голову приходит только "Тайминг в анимации".
Естественно, знание других программ и умение их применять совместно сильно поднимет уровень картинки. В фотошопе можно делать художественные фоны, в АФ - добавлять красивые эффекты, и т.д.
Но в первую очередь - знание основ анимации.
вроде же в АФ есть тоже "функция" делания анимации, как у флеш. или я ошибаюсь?