Потому что в процессе пастеризации уничтожаются только вегетативные формы бактерий. А помимо вегетативной, некоторые виды бактерий могут существовать и в споровой форме. Спора бактерии - это как раз форма для пережидания неблагоприятных условий. В форме споры бактерия не делится, не синтезирует белок - она просто покоится, ждёт подходящих условий, чтобы перейти назад в вегетативную форму и продолжить свою бактериальную жизнь. Формируя спору, бактерия обезвоживается (а обезвоживание микроорганизма сильно повышает его терморезистентность: чем меньше в белках клетки воды, тем выше температура денатурации этих белков), синтезирует дополнительные оболочки, насыщает эти оболочки солями кальция - в общем, готовая спора способна пережить пусть и не всё, но многое, что ей какая-то там пастеризация? Её надо выдержать минут 15 при 120 градусах, чтобы она сдохла. А процесс пастеризации проводится градусах при 60, чтобы сохранить вкусовые качества молока. Со временем споры переходят назад в вегетативные формы, и молоко портится - прокисает или прогоркает.