Сначала из зиготы появляется куча одинаковых клеток. Через какое-то время в них запускается механизм специализации (или дифференциации, не помню точно названия) — в строго определённых частях зародыша клетки становятся разными. Затем они специализируются всё дальше, и по мере развития за это время постепенно разделяются на отделы. Из этих отделов формируются разные ткани, из тканей органы, из органов системы. Этот процесс называется незатейливым термином «органогенез».
Это если прям ОЧЕНЬ упрощённо. По факту это легко прогуглить по запросу «беременность человека» или «развитие эмбриона человека в утробе» (даже «онтогенез человека», но это касается не только внутриутробного развития).