не из неоткуда, а из тканей
зародыш материален, а значит он состоит из тканей - эктодерма, энтодерма, мезодерма
из них начинают сначала развиваться первичная кишка, потом нервная трубка, и хорда ( будущий позвоночник).
внутри имеется также мезенхима, и органы начинают развиваться дальше ( кожные покровы и т.д.)