Сухие наросты- скорее всего, каллюс: растение "морально готовилось" к отгниванию главного корня и экстренному укоренению через междоузлия стебля, упавшего после этого на землю. Удалять не нужно, зато легко теперь размножить отводками или черенками.
Жёлтые листья можно не удалять: т.к. они почти наверняка не инфицированы, по мере ух увядания пластические вещества будут выкачиваться в здоровые ткани. Если вам эстетически они неприятны, можете их удалить- но лучше не все сразу, а по нескольку штук, растянув на пару недель: так раневой стресс нанесёт минимальный вред ослабшему растению.