Новорожденные ещё не на 100% контролируют свои движения и дыхания. Если вы сильно переживаете , то оследите ритм дыхания, 50-60 в минут это норма для маленького человека. Возможно, что малыш просто перевозбудился, поэтому сон неглубокий.
А к кокому возрасту это проходит?