Не могу выбрать между двумя языками, лучше изучать французский или немецкий? Как это может повлиять в работе лингвиста?

Если Вы действительно учитесь на лингвиста, то вопрос довольно странный, поскольку хороший лингвист должен знать несколько языков из разных групп (в этом его отличие от филолога). Так что я советую взять оба языка, если это возможно, они Вам в жизни точно пригодятся. Я, например, сразу при поступлении в ВУЗ выбрал кастильский, немецкий и латинский, а потом ещё взял идо, эсперанто, итальянский и греческий. Таким образом я получил лингвистическую базу сразу из нескольких генеалогических групп. Далее уже сам занимался арабским, древнегреческим, санскритом, церковнославянским, древнееврейским и т.д. - для общего развития. И всё это мне очень пригодилось как в работе, так и в жизни вообще (особенно в путешествиях).

Если же вопрос стоит так принципиально, что нужно выбрать только один из указанных языков, то берите французский, поскольку он из романской группы, а немецкий - из западногерманской как и английский. Для лингвиста важно иметь представление о языках разных групп, на их базе потом можно изучать/ознакамливаться/понимать другие языки этих групп. 

А чтобы подобными вопросами Вам больше не озадачиваться настоятельно рекомендую ознакомиться с генеалогической классификацией языков мира (можно начать с европейских). Это Вам очень поможет как в дальнейшей учёбе, так и в работе.