Повторная перегонка самогона нужна для того, чтобы улучшить сам вкус самогона. Советуют не останавливать перегонку. Но если нужна такая необходимость можно остановить на полчаса максимум. И потом продолжать дальше.
А почему бы и нет ? Главное, правильно отделить "головы" и "хвосты". Единственно то, что придётся снова ждать нагрева куба, если прервать процесс до его остывания.