Да, в этом нет никаких проблем. Просто разделяете своих клиентов - кого Вы обслуживаете как самозанятый, кого - как юр. лицо.
Например, у меня все клиенты по продвижению в Интернет идут через НПД (самозанятость), а по разработке ПО у меня ООО открыто, и там я оказываю услуги по внедрению программного обеспечения собственной разработки.
Проблем (при правильном ведении бухгалтерской и налоговой отчетности) никаких )))