Конечно , можно. И даже нужно, если подсчеты , экономическая и личные модели покажут, что это выгоднее. Иногда это и требование закона.
Я бы еще добавила, что в 1 ООО можно быть руководителем и / или собственников, а в другой наемным сотрудником. И здесь тоже есть свои плюсы.
Например:
Сдача жилой квартиры - самозанятый.
Руководитель и собственник - в аудиторской компании.
Бухгалтер - по найму.
ИП и самозанятый вместе так же могут существовать. Но здесь есть достаточно много ограничений. Нужно будет официально отказаться от других видов налогообложения. По видам деятельности и ведения бизнеса так же есть ограничения.