Сам рационализм Декарта по принципу "мыслю - следовательно существую" является примером философского размышления, в основу которого положено единственное в чём мог не сомневаться учёный - способность мыслить и саморефлексии заставляет его думать, что он есть.
Но это всего лишь его мысль. Поскольку можно ведь выделить и другие основания, которые дают право так считать: я имею свободную волю - следовательно существую, я чувствую боль - следовательно существую, я вижу - следовательно существую. Не менее осмысленные и рациональные утверждения.
Получается, что любая система, поскольку она строится по принципу логического рассуждения и внутреннего непротиворечия, - рациональна.
В самом деле, если бы он сказал: "я мыслю, следовательно зелёный!", мы бы не проходили его в рамках университетской программы. Хотя если бы ему удалось доказать это утверждение, почему бы и нет.
Получается, что философия, как любовь к мудрости, это всё, что имеет смысл в рамках одной системы. Именно поэтому к философам относят и откровенных шизофреников в том числе.
В вашем вопросе нет про противоречия. Скорее, вам непонятно, почему Фому отнесли в эту категорию, раз он писал о Боге, а не социуме. В таком случае, следует помнить, что о Боге писал и Коперник, и Ньютон (признавая Его и удивляясь Его творению). И писали вполне рационалистично.