Его вывозят на специальные полигоны по утилизации и переработке грунта за пределами города. Например у нас в Петербурге я знаю их как минимум восемь штук.
Насколько я знаю , метро копают на глубине приблизительно метров 70, поэтому земля там хорошего качества и может использоваться под грунт при строительстве жилых массивов или же ее засыпают в овраги при прокладывании дорог.