Я бы предположил, что Майкрофт
В одной из серий показывают эпизод, где Шерлок и Майкрофт "соревнуются" в мастерстве дедукции на шапке одного из клиентов, где Майкрофт побеждает, предположив, что у клиента есть девушка
Уже упомянутый в другом ответе эпизод с книгой
Чертоги разума ему часто не помогают, если он не примет тонизирующие наркотики, в то время как Майкрофт за весь сериал если и проявлял мастерство дедукции, то это было в чистом рассудке (да и вообще он даже в моральном плане более унмый, если так можно сказать, ведь он заботится о своём братике, в то время как братик ведёт себя как упёртый баран :3)
Дополнение: Мориарти же среди этой троицы является наименее умным. Об этом говорится в 1 серии 3 сезона. Оттуда можно понять, что в то время, пока Мориарти думал, что он вертел всех, в действительности Шерлок и в особенности Майкрофт (Шерлок имеет слишком сильную заинтересованность к Мориарти как к оппоненту и это мешало ему) вертели его, но не показывали этого.
Однако мисс Хадсон и Мэрри Ватсон всегда считали Майкрофта идиотом
Согласно книгам Артура Дойля самым умным является Майкрофт. Просто шерлок более интересен со своими противоречиями и отношениями с доктором ватсоном.