Можно предположить, что Майкрофт.
Из сериала мы узнаем, что Шерлок активно чистит свои Чертоги Разума (не знает, как устроена Солнечная система), Майкрофт же, возможно, не считает это нужным или его Чертоги попросту больше.
В Рождественском эпизоде ("Безобразная невеста") Шерлок читает книгу, а в ответ Джону на его вопрос, зачем он это делает, говорит, что пытается быстро напитать свой мозг информацией, потому что они едут к человеку, который умнее его. Причем, данный факт Шерлок признает без особого удовольствия, так что вполне вероятно, что он говорит правду.
Что касается Мориарти - он кажется не столько умным, сколько хитрым. Все эти его уловки, скрытый смысл, любовь к загадкам.
Однако мисс Хадсон и Мэрри Ватсон всегда считали Майкрофта идиотом
Согласно книгам Артура Дойля самым умным является Майкрофт. Просто шерлок более интересен со своими противоречиями и отношениями с доктором ватсоном.