С МКС все впорядке. Дырка была в бытовом модуле корабля союз Просверлили на заводе затем отремонтировали заделали специальным клеем. Судя по всему либо технологию нарушили (может обезжирили плохо и др.) либо что-то произошло при пуске например из-за температурных колебаний (например на солнышке нагревается в тени остывает и др.) появилась трещина герметичность была нарушена. Трещину заделали герметиком.
Обшивку может пробить камешек размером с горошину, так как в космосе они носятся с огромной скоростью