В вашей ситуации, сложно сказать точно, в чём причина.
В первую очередь надо проверить, все ли установлены драйвера.
Если драйвера все установлены, но при этом интерфейс работает с рывками, стоит попробовать вынуть дискретную/отдельную видеокарту и попробовать на интегрированной. Если проблема исчезла, значит проблема во внешней видеокарте или биосе.
Следующим шагом надо, попробовать сбросить настройки биоса (только перед сбросом, лучше сфотографировать все вкладки, чтобы в случае проблем с загрузкой можно было вернуть параметры на место). Если сброс не помог, то посмотреть на официальном сайте последнюю прошивку биоса и обновиться.
Так же проблема может быть из-за жесткого диска (хотя на SSD подобных проблем я не встречал), либо проблема с контроллером жестких дисков. Проверить можно, только подключением другого жесткого диска, установив на него систему.
В вопросе вы указывали, что в компьютере установлен второй диск HDD, попробуйте его отключить, возможно проблема может быть в нём.
Лучше всего конечно поступить следующим образом. Отключить дискретную видеокарту и дополнительный жесткий диск, установить новую операционную систему на SSD. Если система в такой конфигурации работает нормально, то потом уже подключать по очереди видеокарту и диск. Ну и проверять работоспособность после каждого, установленного компонента.