Проблемы маршруток как таковой нет :)
У этого вида транспорта довольно много поклонников, и выполняет он довольно важную функцию: заполняет собой потребность в быстрой перевозке в пределах города любой ценой.
Какие у маршруток преимущества перед сферическим муниципальным общественным транспортом в вакууме для пассажиров?
Интервалы. Пока приедет автобус/троллейбус/трамвай, проедет до 20 (двадцати) маршруток, едущих в том же направлении, причем часть из них будет ехать на пару кварталов вправо-влево, т. е. какая-то приедет ближе к дому, чем муниципальный транспорт. Интервалами небольшая вместимость маршруток компенсируется с лихвой.
Скорость. Водитель маршрутки особо не заботится о дорожной обстановке, сохранности пассажиров и прочих мелочах - ему важна прибыль. Поэтому маршрутка летит с максимально возможной скоростью, пропускает пустые остановки, и приезжает к пункту назначения практически с резвостью метро (если пробки не суровые).
Гибкость. До конечной остановок десять, а в маршрутке два пассажира? Спросим где кому выходить и проедем ненужные остановки мимо. Пробка впереди? Если никому в ближайшее время не выходить, поедем дворами. ДТП? Юркая маршрутка легко объедет препятствие. Маршрутка едет мимо? Подымем руку, она с большой вероятностью подберет.
Комфорт. Удобные сиденья (если это не старый пазик или газель), их большое количество, кое где кондиционер, сами маршрутки часть не старые.
Разнообразие. Маршрутки опутывают паутиной весь город, можно добраться практически в любой уголок города, в отличие от муниципального транспорта, у которого в России проблемы с маршрутами в новые районы и в пригород.
Для города маршрутки также удобны: обеспечивают функцию перевозок, дают хорошие поступления в бюджет, не беспокоят по всяким вопросам.
Для перевозчиков маршрутки также удобны: дешево, быстро окупается, не надо территории для хранения и ремонта автомобилей, водители сами могут быть владельцами транспорта, оплата только наличкой создает огромную массу чёрного нала.
Так что текущая ситуация в принципе всех устраивает :)
Чтобы маршрутки заменить на современный транспорт, нужна большая воля администрации города/региона. Яркий пример - Казань. Можно либо просто запретить частных перевозчиков, либо создать правила, по которым будут работать все. Нужен план перевозок в данном конкретном городе, который будет учитывать потребности и пассажиров, и бизнеса. Бизнесу должно быть комфортно перевозить людей без стремления максимизировать выручку (ну и не впадать в убыток), пассажирам нужен современный комфортный транспорт, совмещающий резвость и гибкость маршруток с большой вместимостью и перевозкой маломобильных пассажиров, ездящий круглосуточно. И всё это без траты на пересадки суммы, сравнимой со стоимостью поездки на такси. Методы эти давно известны и внедрены, как за рубежом, так и кое где у нас. Но нужно желание это всё внедрять. И запрос. Если никто не жалуется, не заваливает администрации жалобами на неудобный транспорт, всё останется как есть.