Когда человек чувствует запах какого-то вещества, значит ли это, что частички этого вещества теперь находятся в организме?

Не всегда. При попадании вещества на обонятельный рецептор это вещество растворяется в секрете и стимулирует выработку импульса, который поступает в обонятельный центр. Но благодаря защитным свойствам полости носа эти частички смываются и выводятся. Но если это агрессивные частички (кислоты, щелочи), то тогда да, какая-то часть попадает в кровоток, то есть в организм.