Вы Русский музей намеренно не упомянули или его тоже можно порекомендовать? :)
У меня тут историко-естественнонаучная подборка.
Дворец Меншикова на Университетской набережной - один из лучших музеев Петербурга. Там сохранились интерьеры 18 века, и они прекрасные. Они принадлежит Эрмитажу, поэтому по понедельникам закрыт, и льготы тем же группам лиц.
Из этой же серии дворец Юсуповых на Мойке. Только там модерновые интерьеры. Есть, например, домашний театр, который регулярно фигурирует во многих экранизациях (в "Матильде" последний раз показывали). Но туда надо приходить к открытию (в 11, кажется), не слушать, что все распродано группам, и просить аудиогид. Аудиогид там хороший.
Музей арктики и антарктики на Марата хвалят абсолютно все, кто там был.
Кунсткамера небезынтересное место. Можно на баррочных уродцев в банках смотреть, можно костюмы народов мира рассматривать (помню индейскую сумку, сделанную из целой тушки выдры)
Меня поразил музей микроминиатюры "Русский левша". Его почему-то мало пиарят, а очень зря - там удивительные крохотные экспонаты типа надписей на рисинке или каравана верблюдов, идущих внутри игольного ушка. Вот их сайт museum.ru