Какая секта в настоящее время самая опасная?

Теоретически опасность могут представлять, в основном, относительно небольшие и закрытые группы, о которых мы, скорее всего, почти ничего не знаем - во всяком случае пока они не попадают в новости - в силу их малочисленности и локального характера. 

Часто опасные религиозные группы существуют внутри более крупных религиозных движений. Таковыми были, например, "пензенские затворники" - это была внутриправославная группа со своими очень специфическими представлениями, они не были какими-то особыми "сектантами". То же самое относится ко многим "царебожникам" (хотя некоторые находятся в оппозиции к официальной церкви) - многих из них я бы считал довольно опасной разновидностью религиозного фундаментализма, особенно в свете истории про атаку на кинотеатр в Екатеринбурге. Православные "СПИД-диссиденты" - ещё один пример, актуальный в свете недавней истории, когда православный священник усыновил девочку, заражённую ВИЧ, и запретил ей лечение, в результате чего девочка умерла. Вот в этом направлении я бы искал опасные религиозные течения. 

"Сектоведение" и аналогичные движения в других странах, выдающие себя за научные дисциплины, к слову, сами по себе тоже являются довольно опасной разновидностью радикализма в христианском богословии, направленной на агрессивный прозелетизм и критику иноверцев, которая граничит с клеветой. Российский сектовед А. Л. Дворкин, например, буквально проигрывал суд о клевете МХГ, а его лекции об исламе всколыхнули мусульманскую общественность и, естественно, негативно были оценены профессиональными религиоведами. Очевидно, что нормальной религиозной обстановке в любой стране такие экзерсисы не способствуют, а только наколяют социальную напряжённость, радикализируя как православных, так и представителей НРД (новых религионых движений), которые, находясь под постоянным прессингом, естественно хуже интегрируются в общество. Кроме того, это вполне самодостаточная группа внутри более крупного религиозного сообщества, которая, как ни иронично, соответствует некоторым определениям "секты", цитируемым "сектоведами".

Не только в православии, конечно, существует опасность радикализации: в исламе, как верно заметили в другом ответе, тоже хватает своего ИГИЛ. Существуют радикальные ответвления и во многих и НРД, например, среди неоязычников. Из чего ни в коем случае не нужно делать далеко идущих выводов ни о православии, ни об исламе, ни о неоязычестве в целом. Проблема здесь не в самих религиях, а в их радикальных и фундаменталистских интерпретациях, которые существуют как внутри старых, так и внутри новых религий. Именно опасность религиозного фундаментализма на сегодняшний день представляется наиболее актуальной. Задача государств, в свою очередь, видится в том, чтобы этой радикализации препятствовать и принуждать все религиозные объединения с уважением относиться друг к другу, соблюдая общие для всех и прозрачные правила игры.

Что можно сказать относительно точно, так это то, что не являются "опасными сектами" Свидетели Иеговы (признанные экстремистской организацией в России), Церковь Иисуса Христа Святых последних дней (мормоны), Международное общество сознания Кришны и др. подобные группы. Во-первых, их никак нельзя назвать "сектами" - они как минимум слишком многочисленны и распространены для этого, если мы исходим из социологически ориентированных определений. Во-вторых, эти организации существуют много десятилетий в разных странах, имеют большое количество последователей, и тем не менее мы не видим ни повышенного уровня преступности среди членов этих организаций, ни массовых суицидов, ни каких-то вообще преступных действий с их стороны.

Критики, в основном, оперируют единичными и сомнительными примерами, когда рассказывают про различные ужасы, припиываемые этим группам. При этом у критиков были все возможности предоставить в судах доказательства преступного характера деятельности этих течений... но нет ничего. Так что можно сказать, что проверку временем они прошли.