Лучше конечно пойти другим путём - анализировать статистику и уменьшать стоимость целевого действия на сайте, а не стоимость клика.
Но, раз вопрос звучит именно так, то тогда отвечу, как быть в данном случае.
1) Максимально "отминусовываем" фразы, то есть прописываем в каждой фразе индивидуальные минус-слова. Этим вы решаете сразу две задачи - отсекаете нецелевые клики и не соревнуетесь по ставкам с теми конкурентами, кто не прописал данные минус-слова. Вследствие этого рекомендуемую Яндексом стоимость клика можно значительно снизить.
2) Работайте над релевантностью рекламного объявления. Старайтесь в самом объявлении дать понять клиенту, что ваш сайт - это именно то, что он искал. И обязательно побуждайте к действию, то есть к клику! Ваш CTR вырастет и вы удивитесь, насколько снизилась стоимость клика.