Почему если вносить раз в год на ИИС 100 тысяч и каждый год получать по 13 тысяч вычета, то доходность 6,89% годовых за три года, а не 13%?

такой варинт доходности возможен, если вы вообще ничего делать с деньгами не будете и проценты на свободные средства на ИИС начисляться не будут. Давайте посчитаем:

Доходность за 1 год- 13%. Вносим 100 000 рублей, получаем вычет 13%

Доходность за второй год 6,5%. Сумма на счете 100 000 рублей+ вы вносите еще 100 000, но вычет опять же получите со 100 000. Таким образом сумма инвестиций составит 200 000 рублей, а получите вы опять 13 тысяч.

Доходность за 3 год 4,3%. Остаток 200 000 рублей + внесли еще 100 000 рублей, вычетов получили те же 13 тысяч.

Итого среднегодовая доходность за 3 года составит: (13%+6,5%+4,3%)/3=7,9%