Почему если вносить раз в год на ИИС 100 тысяч и каждый год получать по 13 тысяч вычета, то доходность 6,89% годовых за три года, а не 13%?

Вычет с каждого внесения вы получите только один раз. 100x13 в первый год, 100x13 во второй и 100x13 в третий год. Итого вычет будет 13x3=39 тысяч за три года, но внесли вы 300 тысяч. 39/300/3=4.33% это доходность за три года. ИИС выгоден, если не только получать НВ, но и получать доходы от диведентов и купонов по офз. можно открыть иис и не пользоваться им 3 года, а в декабре положить 300 тысяч и получить в январе 39 тысяч. Тогда доходность за последний месяц составит 156% годовых.