При беге правильно дышать так, как Вам комфортно. Не концентрируйтесь на дыхании, не ускоряйте и не замедляйте его. Как только концентрация углекислого газа в крови и легких превысит пороговое значение, сработает рефлекс и легкие выдохнут отработанный воздух и вдохнут свежий. Волевое усилие этому механизму не поможет. Единственное, что может снизить дискомфорт - это полное расслабление, тогда рефлексы без препятствий сделают свое дело.