Здесь профессор Андрей Леонидович Зорин отвечает на этот вопрос очень доступно: http://syg.ma/sygmafeatured/andriei-zorin-kak-napisat-dissiertatsiiu
Если кратко: задавайте вопросы и последовательно отвечайте на них, не стесняясь обращаться к своему научруку.