В отличие от других НКО фонд ликвидируется на основании решения суда и только в случаях, перечисленных в пункте 2 статьи 18 Федерального закона «О некоммерческих организациях». При добровольной ликвидации потребуется принять решение о ликвидации, обратиться в суд, уведомить Минюст и кредиторов, опубликовать информацию о ликвидации в ЕФРСФДЮЛ, назначенный судом ликвидатор организует продажу имущества фонда и проведёт расчёты с кредиторами, необходимо будет составить и утвердить промежуточный и окончательный ликвидационные балансы, передать в ПФР сведения по работникам, сдать в архив документы фонда, оплатить пошлину и зарегистрировать в Минюсте ликвидацию фонда. Оставшиеся после расчётов с кредиторами денежные средства не могут быть распределены между учредителями фонда, а должны быть направлены на цели создания фонда, на незаконченные мероприятия фонда, а при их отсутствии перечисляются государству. Необходимые для ликвидации фонда формы документов и раз’яснения по процедуре ликвидации можно получить на сайте территориального управления Минюста России.