Добавлением уменьшительно-ласкательных суффиксов))
Александр - АлексАША - просто Саша - СашУРА - Шура - Шурик.
Так получается потому, что постепенно ласкательная форма входит в язык и утрачивает "ласкательность", становится более бытовой. Соответственно, возникает нужда в новом ласкательном слове.
Окей, а как из Евгения получился Женя?
Дополню. Имя Шура - один из редких примеров слова без корня. А образовалось оно достаточно специфически и уже от сокращенного "Саша": Александр - Саша - Сашура - Шура.
Оно пошло еще дальше, моя мамочка называла меня Шунечка, Шуна и Шуник.
Кстати, вспомнил как я был удивлен увидев давно в каком то словаре имен все варианты имени Сергей - Сергуня, Гуня, Сергуша, Гуша, Сергуля, Гуля.
Помните анекдот? "За что Александр Македонский убивал своих военачальников? Только в том случае, если они называли его Шурой!".
Это к тому, что очень многие Александры почему-то не любят именно эту форму уменьшительного.
Интереснее вопрос, как из чешского Jan в ласкательном получается Honza, если ни корня, ни сокращения здесь не видно. Или как словацкое Kristína превращается в Kika