Счет на погашение ипотеки был открыт на основного заемщика. Его пополнение осуществлялось и созаемщиком. 2/3 доли квартиры принадлежит созаемщику. Квартиру продаем.
Если речь идет о расчетах на сделке, то расписку или поручение сделайте от лица основного заемщика о передаче ему денежных средств для оплаты доли квартиры через его счет... в .. и прикладывайте все документы по оплате через его счет. Ситуация рядовая, большинство приобретений в общую собственность (долевую или совместную) в ипотеку делается с одного счета, исключение скорее если каждый со своего счета платит или наполнение аккредитива или эскроу счета тоже может идти с разных счетов, но перевод продавцу идет с одного счета, договор по которому подписывает кто-то один.
Если хотите подтверждение оплаты ежемесячных платежей по ипотеке, то тому, кто вносит деньги дают приходный ордер на его имя или платежку о переводе на счет, с которого списывается кредит, это и будет подтверждением, если давали деньги для оплаты заемщику, то расписку так же у него возьмите на каждый такой платеж.